Réges-rég, egy pusztító démon támadott meg egy rejtett kis ninja falut, kilenc farkú róka képében. Az ereje mérhetetlen volt, és a falu harcosai sokáig küzdöttek ellene, míg egy bátor harcos, élete árán megfékezte a démont, és egy újszülött gyermek testébe zárta. A fiú Naruto volt.
Ugrás a jelenbe: Naruto már 12 éves fiú, aki ninja tanuló, és a ninja iskola nagy bajkeverője. A sötét múlt azonban máig kíséri őt: a falu lakói megvetik, bizalmatlanok vele.
Naruto pedig elhatározza, hogy ő lesz a legerősebb ninja harcos a faluban, és bebizonyítja az embereknek, hogy nem az, akinek gondolják.
A siker felé vezető úton Naruto természetesen nincs egyedül. tanára, Kakashi, és két tanulótársa, Sasuke és Sakura is vele tartanak.
A cél elérése pedig nem lesz könnyű: veszélyekkel, kalandokkal, küzdelmekkel teli út vár hőseinkre.