Miután Yugi Mutou legyőzte a világbajnok Seto Kaiba-t, Maximillion Pegaus, a Duel Monsters megalkotója kihívta egy párbajra, aminek a végeredményeként Sugoroku lelkét ellopta. Yugi a barátaival elmegy a Párbaj Palotához, hogy kiszabadítsa nagyapja lelkét. A hajóúton Weevil Underwood a tengerbe dobja Yugi Exodia kártyáit, így amint megkezdődik a Palotánál a verseny, Yugi első ellenfele Weevil, akitől sikeresen elnyer két Csillag Chipet. Joey első párbaja Mai Valentine ellen szintén győzelemmel ér véget és 2 Csillag Chipje lesz. Yugi második ellenfele Mako Tsunami. A győzelem után immár 5 Csillag Chippel, Yugiéknak új ellenfele akad, Mokuba Kaiba, Seto öccse, aki ellopta egy gyerek kártyáit és Csillag Chipjeit, hogy Yugit legyőzhesse és megmenthesse a Kaiba Corp.-ot. Mokuba vesztésre állt, így ellopott 2 Csillag Chipet Yugitól. Yugiék meggyőzték, hogy adja vissza, de Pegasus egyik őre a tengerbe dobta őket, így Yuginak ismét 3 Csillag Chipje lett. Yugi következő ellenfele egy Setonak öltözözz bérenc. Miután Yugi nyer, megtartja Seto pakliját, hogy később visszaadhassa, és elnyer 3 Csillag Chipet. A következő párbaj Jeoy és Rex Raptor között zajlik. Joey nyer és így elnyerte a Vörösszemű Éjsárkány-t (Red-Eyes B.Dargon). A párbaj után Yugiék találkoznak Bakura Ryou-val aki az egyik osztálytársuk, akiről kiderül hogy az Ezeréves Gyürű birtoklója. Yugi legyőzte a GYűrű szellemét, és megmenti barátait. Ezalatt Mai-t legyőzte egy Eliminátor (Player Killer) és elvette az összes Csillagját. Yugi ezek után legyőzte a Killert és visszaszerezte Mai csillagjait. Ezután megjelenik az igazi Seto, aki legyőzi Joey-t az általa létrehozott új kivetítővel. Másnap Joey-t elrabolják és párbajra kényszerítik Bandith keith egyik csatlósával, Ghosttal. Joey nyer, így 6 Csillag Chipje van már. A következő párbaj 2-2 ember között zajlik (Joey & Yugi vs. Para & Dox). Yugiék nyernek, így mindkettőjüknek meglesz a 10 Csillag Chipje és indulhatnak a palotába. A Palota elött Yugit kihívja Seto, aki zsarolással nyer, de később Mai ad Yuginak 5 Csillag Chipet. Amikor beérnek Seto éppen Pegasus ellen párbajozik és veszít, aminek az eredményeként őt is egy kártyába zárja Pegasus. Másnap megindulnak az elődöntők Yugi vs. Mai és Joey vs. Bandith között. Joey és Yugi nyer így ők párbajoznak, Yugi nyer. Ezek után Yugi legyőzi Pegasust és a pénzt Joeynak adja. Mikor Yugiék hazamennek (Sugorokuval), megjelenik Rebecca, aki azt hiszi, hogy Sugoroku ellopta az apja (Arthur Hopkins) Kékszeműjét. Később megtudja hogy tévedett. Ezek után Setot az emberei egy virtuális játékba zárják amiből Yugi, Joey, Mai és Mokuba menti meg. Másnap nyílik egy új bolt aminek a vezetője Yugiék új osztálytársa aki legyőzi Joey és később Yugit is le akarja az általa kitalált Dungeon Dice Monsters nevű játékkal, de Yugi nyer. És ezzel vége a Duelist Kingdomnak.